Ce projet a été inspiré par le travail du parasitologue américain Norman Stoll. Le docteur Stoll effectua des travaux de recherche sur les infections parasitaires, en Chine, au Panama et à Porto Rico notamment, pendant la première moitié du vingtième siècle. Le discours présidentiel qu'il prononça en 1946 devant l'American Society of Parasitologists posait cette question: Exactement combien d'helminthiases humaines existe-t-il dans le monde? L'article qui résulta de cette réflexion, This Wormy World (Stoll, 1947), fut la première tentative systématique de mesurer l'impact au niveau mondial du parasitisme humain causé par les helminthes et reste probablement l'une des publications les plus souvent citées dans le domaine de l'helminthologie.
S'appuyant sur le travail du Dr Stoll, l'OMS et le Centre for the Epidemiology of Intestinal Parasites, partenaire de l'OMS et basé à l'Université d'Oxford, ont lancé en 1998 une initiative visant à rassembler les données de terrain disponibles pour créer un outil servant de base de données et de référence graphique. Le double objectif de cette initiative était de décrire, dans la mesure du possible, la prévalence des infections en Afrique et de mettre en avant les zones où des informations supplémentaires étaient requises (Brooker et al. 2000).
Ce projet avait pour but de développer des cartes de prévalence, en utilisant des systèmes d'informations géographiques (GIS) comme outil de base de données et référence graphique, pour l'ensemble de l'Afrique subsaharienne. Initialement, ces cartes ont été développées au second niveau administratif, défini en général comme le district. Ce niveau de stratification géographique a été sélectionné car il représentait le niveau le plus précis auquel il semblait possible d'obtenir des données satisfaisantes.
Au cours des années, le projet a été élargi à la géolocalisation des emplacements réels des données de terrain grâce à l'utilisation de plus en plus fréquente de systèmes de localisation mondial (GPS) dans les enquêtes de terrain et à la plus grande disponibilité d'index géographiques électroniques en ligne. Pendant cette même période, les enquêtes sur les vers se sont multipliées, en particulier aux niveaux nationaux et infranationaux. Ces évolutions ont donné lieu au développement de Global Atlas of Helminth Infections.