Este proyecto se inspiró en el trabajo del parasitólogo estadounidense Norman Stoll. El Dr. Stoll realizó investigaciones sobre las infecciones por gusanos en China, Panamá y Puerto Rico, en la primera mitad del siglo XX. En 1946, en su discurso como presidente de la Sociedad Americana de Parasitólogos planteó la siguiente pregunta: ¿Cuánta helmintiasis humana existe en el mundo? El consiguiente estudio, This Wormy World (Tierra de gusanos) (Stoll, 1947), fue el primer intento sistemático para medir el impacto mundial de los parásitos humanos causados por helmintos, y es posible que siga siendo una de las publicaciones más citadas en el campo de la helmintología.
A partir del trabajo de Stoll, en 1998, el Centro Colaborador de la OMS para la Epidemiología de Parásitos Intestinales en la Universidad de Oxford y la OMS lanzaron una iniciativa con el objetivo de clasificar los datos de estudios disponibles como bases de datos y herramientas gráficas. Los objetivos de la iniciativa eran describir, donde fuera posible, la prevalencia en África y resaltar las áreas que requerían más información (Brooker et al. 2000).
Esta iniciativa buscaba desarrollar mapas de prevalencia, mediante el uso de sistemas de información geográfica (SIG) como bases de datos y herramientas gráficas, para el África subsahariana. Estos mapas se desarrollaron, en un principio, en el segundo nivel administrativo, que suele definirse como distrito. Se seleccionó este nivel de estratificación geográfica porque se consideró el nivel más bajo en el que podrían esperarse datos disponibles.
Con el paso de los años, el proyecto se expandió a los datos de estudios de geoposiciones de la ubicación real debido al creciente uso de los sistemas de posicionamiento global (GPS) en los estudios de campo y a la creciente disponibilidad de nomenclátores electrónicos en línea. Al mismo tiempo, se realizaron más estudios de gusanos, en especial a nivel nacional y subnacional. Estas dos características llevaron al desarrollo del Atlas Global de Infecciones por Helmintos.